Seksi Pendidikan Madrasah mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi pada pendidikan madrasah (PMA No. 13 Tahun 2012 Pasal 394). Pendidikan madrasah dimaksud terdiri dari : RA, MI, MTs, dan MA

Fungsi PENDMA :

• Penyiapan perumusan kebijakan teknis dan perencanaan di bidang pendidikan madrasah
• Pelaksana pelayanan, bimbingan, dan pembinaan di bidang kurikulum dan evaluasi, pendidik dan tenaga kependidikan, sarana prasarana, pengembangan potensi siswa, kelembagaan, kerja sama, dan pengelolaan sistem informasi pendidikan madrasah
• Evaluasi dan penyusunan laporan di bidang pendidikan madrasah