Seksi Pendidikan Agama Islam mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan teknis, pembinaan serta pengelolaan data dan informasi di bidang pendidikan agama Islam pada PAUD, SD/SDLB, SMP/SMPLB, SMA/SMALB/SMK.

Seksi Pendidikan Agama dan Keagamaan Islam sebagaimana dimaksud dalam Pasal 429 mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi di bidang pendidikan agama Islam dan pendidikan keagamaan Islam.

Fungsi PAIS :

• Penyiapan Perumusan Kebijakan Teknis Dan Perencanaan Dibidang Pendidikan Agama Islam
• Pelaksanaan Pelayanan, Bimbingan, Dan Pembinaan Dibidang Pendidikan Agama Islam pada Pendidikan Anak Usia Dini (PAUD) Taman Kanak-kanak (TK),Sekolah Dasar/Sekolah Dasar Luar Biasa (SD/SDLB),Sekolah Menengah Pertama/Sekolah Menegah Pertama Luar Biasa(SMP/SMPLB), Sekolah Menengah Atas/Sekolah Menengah Atas Luar Biasa/Sekolah Menengah Kejuruan(SMA/SMALB/SMK),Serta Pengelolaan Sistem Informasi Pendidikan Agama Islam
• Evaluasi dan Penyusunan Laporan Dibidang Pendidikan Agama Islam.